Promatrajući područje od 2,5 milijuna četvornih kilometara koje pripada Sredozemnom moru, radi se o najvećem unutrašnjem moru na svijetu. No, nije uvijek bilo tako. Prije 5,9 milijuna godina Sredozemno more bilo je sasvim drugačije mjesto nego danas. Tektonika ploča zatvorila je Gibraltarski tjesnac, razdvojivši tadašnje Sredozemno more od Atlantskog oceana na slijedećih 600.000 godina. Novo zatvoreno more podleglo je isparavanju, vodostaj mu je pao za više od tisuću metara, pretvorivši ga u pustinjski okoliš obilježen plitkim bazenima tako slanim kao današnje Mrtvo more. Ovo razdoblje smo nazvali Mesinskom krizom saliniteta.
Razigrane tektonske ploče su prije otprilike 5,3 milijuna godina ponovno otvorile Gibraltarski tjesnac, dopuštajući vodama Atlantskog oceana da silovito nagrnu u isušeno Sredozemno more. Tim činom završila je Mesinska kriza saliniteta i započela Zanklijska poplava, odnosno geološko razdoblje Zanklij.
Donedavno se smatralo kako je proces punjenja Sredozemnog bazena trajao oko 10.000 godina. Ipak, istraživanje objavljeno u časopisu Nature 2009. godine ukazuje na to da je taj proce trajao mnogo kraće. Vode Atlantskog oceana urezale su prolaz dug 200 kilometara kroz područje današnjeg Gibraltara. Uslijed toga, nastala je katastrofalna poplava koja je trajala svega dvije godine. Kako je erozija sve više produbljivala kanal, punjenje sredozemnog bazena bivalo je sve brže i brže. Istraživači smatraju da su u najdramatičnijim trenucima razine Sredozemnog mora rasle oko 10 metara dnevno! Istraživani sedimenti blizu Sicilije sugeriraju da je brzina vode koja je prolazila tuda poplavljujući istočni dio bazena dosezala i 160 km/h. U čvrstom vapnencu današnjeg podmorja između Sicilije i Tunisa, gdje se nalazi najveći sredozemni podvodni prag, poplavna erozija urezala je rijeku kojom je voda ispunjavala dublji istočni dio Sredozemnog bazena. Znanstvenici pretpostavljaju da su se tamo u to vrijeme formirali i vodopadi visoki oko 1.500 metara, kolika je razlika dubina zapadnog i istočnog bazena.
Geologija bilježi mnoštvo sličnih procesa. Brojna druga mora i oceani zatvarali su se i otvarali u Zemljinoj prošlosti. Ipak, ljudska povijest ne bilježi nešto slično pa nam je izuzetno teško zamisliti kako je ovakva poplava i svi povezani procesi s tim mogli izgledati, odnosno kakve su utjecaje imali ne samo na reljef Sredozemlja, nego i na sav živi svijet i općenito klimu. I sve se dogodilo u svega nekoliko godina.
Današnje Sredozemno more ima prosječnu dubinu od 1.500 metara. Podvodni prag između Sicilije i Tunisa dijeli Sredozemno more na manji i plići zapadni, te veći i dublji istočni dio. Sredozemno more je najdublje na području Jonskog mora, gdje je izmjerena dubina od 5.267 metara. Jadransko more smatra se plićim dijelom Sredozemnog mora – njegova prosječna dubina je svega 173 metra, a najdublja točka nalazi se u njegovom južnom dijelu i iznosi 1.233 metra.
Sredozemno more je i danas povezano s Atlantskim oceanom Gibraltarskim tjesnacem na zapadu, prolazom širokim svega 14 kilometara, a dubokim 320 metara. Na istoku je preko Sueskog kanala povezano i s Crvenim morem, a samim tim Indijskim oceanom. Premda rijeke donose u Sredozemno more velike količine vode, sveukupno gledajući ta voda čini svega trećinu one koju Sredozemno more izgubi isparavanjem. Kao posljedica toga, Sredozemno more je velikoj mjeri slano (38‰ na dubini od 5 metara). Sredozemno more najmanje vode dobija iz Crnog mora (200 km³ godišnje – 0,5%). Slijedeći veći dotok vode čine vode koje vuku porijeklo iz rijeka i kiše (1.200 km³ godišnje – 3,3%), a daleko najveću količinu nove vode Sredozemnom moru daje Atlantski ocean, kroz Gibraltarski tjesnac (35.000 km³ godišnje – 96,2%). Imajući na umu malu širinu Gibraltarskog tjesnaca, jasno je koliko su snažne morske struje u ovom tjesnacu, tj. koliko je brodovima teško isploviti iz Sredozemnog mora.
Isparavanje je, dakle, najodgovornije za gibanje vode unutar ovog unutrašnjeg mora. Isparavanje je posebno visoko u istočnoj polovici, pa se tamo slanost povećava, ali i nivo vode opada. Zahvaljujući vodama Atlantskog oceana, Sredozemno more ostaje postojano – ne isušuje. Ukupan dotok vode iz Atlantskog oceana je oko 70.000 m³/s. Bez ovog dotoka, razina mora Sredozemnog mora padala bi brzinom od oko 1 m godišnje. Prevladavajuća struja Sredozemnog mora je također povezana s ovim dotokom i bržim isparavanjem istočnog dijela bazena. Ona teče duž afričke obale, od zapada prema istoku, noseći vodu iz Atlantika. Ta struja je najjača ljeti, kada je isparavanje najveće. U konačnici, prema tvrdnjama oceanografa, Sredozemnom moru treba 100 godina da u potpunosti obnovi svoju vodu, a čini to isparavanjem i dolaskom nove vode kroz Gibraltarski tjesnac.
Na razvoj Sredozemlja u bližoj budućnosti utjecat će i klimatske promjene, kojima je ovo područje izrazito izloženo zbog svoje zatvorenosti između tri kontinenta. Pretpostavlja se da će se do 2100. godine uslijed klimatskih promjena samo Sredozemno more zagrijati za 0,3°C, a njegova razina porasti između 3 i 61 centimetar. Iako to ne zvuči puno, povećanje temperature moglo bi imati značajan utjecaj na evaporaciju, pa samim tim i učestalost i obujam padalina na okolnom području. Takav mali porast razine Sredozemnog mora mogao bi potpiti dijelove Malte, veći dio delte Nila )i pri tome raseliti preko pola milijuna Egipćana), dio Cipra itd.
Geološki gledano, oceani i mora će se otvarati i zatvarati također u budućnosti. Znanstvenici smatraju da će se Sredozemno more za nekoliko milijuna godina ponovno odvojiti od Atlantika. Soli neće nedostajati…